故事发生在一个充满青春气息的高中校园里。活泼、善良、妄想、心地纯洁的年轻人Uzaki Yukio(松冈正人配音),英俊、轻浮、自恋的Wanren Yoshiya Matsushita(Takuya Educhi配音),随和内敛的S级电影黑泽黑志(Nobunaga Shimasaki配音),沉默寡言、聪明的学术暴君Naoka(Nayama Aohei配音),他们在同一个班级里生活和学习,彼此密不可分,关系非常密切。有一天,夏树在校园里遇到了一个可爱的女孩,名叫小泽川杏奈(藤田奈央配音)。令他惊讶的是,在他最痛苦的圣诞之夜,星奈是安慰他的陌生人。随着时间的推移,夏树和星奈之间逐渐形成了一种朦胧的关系。然而,对两人来说,最大的障碍来自星奈最好的朋友土白茉莉(由Nishiki Nayama配音)。
《神奇宝贝日月》是继《神奇宝贝XY》播出后,东京电视台于2016年11月制作并播出的第六部神奇宝贝动画系列“,小智将前往阿罗拉地区,与同学Lillian、Kage、Shuilian、Mayo和Mamane一起体验校园生活,目标是毕业。
警方為應付未確認生命體而開發了G3系統,這套G3系統是根據未確認生命體4號即幪面超人古迦的力量而設計出來,裝著員是一位叫冰川誠的警員,為人真誠但略為粗獷。警方另一部門在荒島上發現了古代文明,並進行解碼。