在危急的情况下，特勤局NERV的葛成美救出了真嗣，并在西本的指挥下将他带到了NERV的总部。但迎接真嗣的是他父亲的冷酷命令：驾驶一个名为“EVA”的巨大人形机器人与使徒作战。Shinji已经表示拒绝，在看到严重受伤的替补司机Ayumi后，他决定遵守父亲的命令。就这样，从未接受过作战训练的真嗣准备驾驶长荣第一架飞机对抗使徒。世界的命运交给了一个14岁的男孩，而隐藏在“第二次冲击”中的“人类完成计划”似乎也开始采取行动。掌握了所有答案的隐元都只是观察，没有任何动作，好像一切都已经写进了剧本。
很久很久以前，位于天空中的白色王国和位于地面上的黑色王国在经历循环的同时保持着平衡。但在某个时刻，强大的黑暗之王出现了。黑暗之王在入侵白色王国时，提议结成联盟来镇压敌人巴尔。光明之王爱丽丝相信了信使阿德尔希望“平衡”的话，并结成了联盟。
