在复兴的同时,为了防卫而进行的包含最新锐战舰安德洛墨达在内的新锐舰队的整备工作也在推进中。 伊斯坎达尔的丝塔夏的愿望也化为乌有,地球开始迈向扩军之道。 这真的是在无可替代的多数牺牲之后,大和所达成的真正的和平吗? 期盼宇宙平稳的女神特蕾莎的祈愿,将大和邀往新的航海。 如今,席卷宇宙的加特兰蒂斯的威胁,正在逼近地球——。
昶并不将此当做一回事,但令他没有想到的是,通过这次见面,一个光与影的新世界展开在了昶的面前。 在校舍,昶遭到了神秘怪物的袭击,虽被白银所救,但昶却永远的失去了自己的影子。为了保持自己的存在感,昶与白银签订了契约,白银成为了昶暂时的影子。之后,被成为“黑魑”的怪物不断的骚扰着两人,而昶也被卷入了一场影子的争夺战之中。