故事发生在二十一世纪末,彼时,魔法早就已经不再仅存与神话和传说之中,而是同科学与超能力融合,成为了人尽皆知的存在。国家甚至成立了魔法大学附属第一高校,专门培养此方面的人才,以便更好的为国家效力。麻生圭司发了一封有意义的信和50万日元的佣金,柯南、兰和小五郎去了泉中的月影岛。然而,钢琴家麻生在村里的办公室听到麻生的消息后,被告知他12年前在岛上的一个家庭自杀。