于是，一些有特殊能力能够杀死神灵的少年和少女们出现了，我们称他们为弑神者。 草薙护堂（松冈祯丞 配音）是一个普通的高中生，一次偶然中，他打败了军神继承了他的能力，从此，一条弑神的道路在护堂面前展开了。与此同时，少女艾丽卡（日笠阳子 配音）、巫女万里谷祐理（花泽香菜 配音）、艾丽卡的好友利利亚娜（喜多村英梨 配音）等人也都逐渐发现了自己的能力，随着战斗的深入，他们发现，单打独斗绝非正道，只有团结起来，利用优势隐藏劣势，才有可能战胜那最后的，最可怕的，也是最强大的敌人。
在日本战国时代晚期，有一个奇怪的人，名叫池方专浩。他爱花如命，是京都定法寺六角殿的花僧。他也是一位远道而来的著名花道大师。他篡改过的松树一举征服了岐阜市的领主织田信长。丰臣秀吉和千寻也对他的花艺印象深刻。他不善言辞，经常记不住别人的名字。
《黑礁》第二季继承了第一季的故事内容，于2006年10月2日至12月18日在日本播出。
