U.在C.0097年期间，“拉普拉斯事件”的争端结束后，戈达德号这两只独角兽被秘密封存，新义勇残余党的“臂章”也随之解体。就在人类逐渐走出战争阴影之际，失踪两年的独角兽3“凤凰”突然出现了。
战国时期，为了成长为一名杰出的忍者，穷人之家的年轻人乱太郎（加藤清治饰演）进入了一流的忍者学校忍者学校学习。在叶子组学习了一年的乱太郎遇到了好吃又瞌睡的新兵伟（木村丰本饰演）、做过多份兼职的孤儿富丸（林辽伟饰演），以及许多同龄的好朋友。
然而，圣王历767年12月5日，科美利亚公国突然对奥尔坦西亚王国掀起反旗。 科美利亚公国的反叛，以及在叛乱的同时现身的魔物，使得奥尔坦西亚王国迎来了混乱时代…… 在战乱的世间，陷身于多舛命运之中的骑士们。 由悲剧开始，宿命的继承与战斗，就此启动。
