该机构最高负责人满美食大人（中村悠一 配音）对B级食物充满鄙夷，他决定彻底摧毁这些下等吃食。未久，A级美食的飞船飞临嘉年华，对底层料理手艺人进行无情驱逐。为了挽救B级美食，炒面阿健决定启用传承已达五十代的秘制酱汁。阿健的相好红子走投无路，将酱汁罐子交给春日部防卫队的各位。 小新和朋友们无意间承担起包围B级美食的重任……
在毫无征兆的一个晴朗日子，一枚导弹笔直飞来，将国际大都会东京都内极具代表性的彩虹桥炸为两截。该事件在都内引起不小的骚动，此后不久，警视厅公安部外事三课的警部高畑慧（高岛礼子 饰）带着相关视频资料找到藤田继次（筧利夫 饰）所统率的特车二课，经分析发现这次袭击来自于那架自卫队不久前失窃的新型战斗直升机AH-88J2改“灰色幽灵（Grey Ghost）”。经高畑之口得知，该恐怖事件与拓植行人、灰原零（森カンナ 饰）有直接的关系。而在纷乱的实践中，特车二课则面临着被撤消的危险。 东京一千万人口沦为暴动分子的人质，面对前所未有的危机，泉野明（真野惠里菜 饰）和她的LABOR能否力挽狂澜？
