这是在人体内。在这个世界上,许多细胞都在努力工作。在某一天,白细胞(中性粒细胞)和红细胞遇到了含有迷路乳酸菌的普通细胞。为了将乳酸菌护送到它们的同伴身边,白细胞(中性粒细胞)和正常细胞向肠道出发。
这支部队由中岛中将创建,旨在对抗现代大国的情报战,但零机构目前的任务是应对隐藏在东京的吸血鬼事件。被指派担任这项工作的人是最强的人类前田吉野,这个国家排名最高的吸血鬼,也是机制的新人黑井秀夫。他的智慧超乎寻常,从江户时代起就一直存在。他也是一个疯狂的科学家,喜欢他日渐衰老的大脑竹内。以上是零机构执行部队的成员。吸血鬼的数量越来越多,秘密行动的阴影,神秘的人造血液的存在,以及这些事件的冷眼观察者是S级吸血鬼Dave Roth,尽管他已经300多岁了,但他的外表与儿童相似。零机制今天,穿梭于大正的浪漫之夜。
所谓的“除妖”,即是把由于某些缘由而从原本应在的“隐世”来到“现世”停留的妖怪们送回“隐世”这一工作。某天,被妖怪附体的高中生·芦屋花绘,依靠偶然发现的联络方式,来到了专门除妖的物怪庵,在那里的是一脸不高兴的店主安倍晴斋。