2046,在虚拟网络上进行了许多方面的生活。不管时间有多先进,欺凌永远不会消失。Haruyuki是被欺负的学生之一。然而,有一天,他被学校最有名的人库罗基米联系到了。《创圣大天使LOGOS》讲述由于SNS的普及,现代的无意义文字正在增加。在文字的世界LOGOS WORLD,发生了影响到现实世界的异常事态。灰吹阳等创声部的成员为了解开文字中隐含的意义,直面世界的危机。