乌丸大路顶着西瓜头,成绩优秀运动万能,可是看似完美的他却有着怪异的行为和只属于自己的秘密,身患绝症的他即将不久于人世。外表狂野个性粗暴的播磨拳儿(高桥广树 配音)内心有着柔软天真的一面,这一面的名字叫做天满,可是天然呆的天满似乎从未注意到过他的感情。当他鼓起勇气对天满表白时候,出现在眼前的女子,却是个性直爽的学院偶像泽近爱理(堀江由衣 配音)。面对播磨火辣的表白,泽近爱理的心里产生了异样的感情。 在矢神高中里,迷糊而快乐的校园生活每日都在上演。
从那时起,五年过去了。亚马逊几乎被驱逐,世界正在走向和平。然而,感染亚马逊细胞的普通人的亚马逊化现象继续扩大,政府成立了一个新的4C组织,秘密驱逐亚马逊化的人类。其中,童年时被亚马逊抚养长大并变身为假面骑士的年轻人亚马逊·尼奥对抗亚马逊。