以此为契机,小叶遇到了秘密组织Sirrut,一个通过互联网走到一起的年轻人,包括葬礼藏人(神奈川宏配音)、指挥官春井康夫(Kazuta Yuko配音)、松尾一作(Nakamura Yuichi配音)、藤村俊(Kajima Kazuki配音)和吉山比鲁(Kawasaki配音)。他们的共同目标是终结“七原”(由野田贤二配音)的野心。陌生的伙伴和狡猾的对手,小叶前方的道路充满了危险。。。这部电影是同名动画的剧场版。
故事围绕高仓氏的三个兄弟姐妹展开,包括高仓小林(木村义弘配音)、高仓静马(木村吉弘配音)和病入膏肓的妹妹高仓义弘(荒川美穗配音)。有姐妹控制情结的高仓兄弟都非常珍惜杨秋,但医生让他们做好了随时失去妹妹的准备。
无奈之下,他带走了一只留下的神奇宝贝——皮卡丘(由大谷幸雄配音)。皮卡丘,也被称为电老鼠,虽然外表可爱,但性格腼腆内向,与人类并不亲近。他经常在稍有不满的时候就放电鼠,暴躁的脾气让小智吃了不少苦头。Daiki博士把神奇宝贝地图和神奇宝贝球作为实用礼物送给了小智。在小智和皮卡丘面前,神奇宝贝的世界里有许多谜题和探索在等着他们。迎接他们的是光明还是黑暗?小智能如愿成为神奇宝贝大师吗?