在一个普通的小镇上,生活在一个五口之家的普通小学生高池直也(田村由里配音)、朋友铃木和村(清水爱配音)和伊丽莎·巴恩斯(奈宫理惠配音)过着无忧无虑的生活。这一天,他们偶然发现了一只类似水貂的动物,Yuno Skleia(由水桥香织饰演)。
然而,在炼金术方面拥有极高天赋的爱德华(罗米·帕克配音)和阿方斯(奈宫丽姬配音)兄弟,由于对母亲的极度思念,不惜触犯禁忌。最终的代价是爱德华失去了一只胳膊和一条腿,他的兄弟阿尔方斯只能把他的灵魂附在一件巨大的盔甲上。两兄弟最终明白了一切,为了恢复并寻求更多的炼金术知识,他们成为了国家炼金术师,并踏上了寻找终极炼金术物品——哲人石的旅程。通过不断的探索,兄弟俩终于找到了这块哲人石背后的真相,对他们所处的军事化国家有了更深入的了解。此时,面对国家、民族、家庭。。。炼金术的未来在哪里。
出乎意料的是,仪式打开了一个平行的世界,他们进入了一个与日常生活完全不同的领域,从而打开了通往新世界的大门。