美丽的女孩山本佐佐木（松井玲奈饰演）有着难忘的过去，但现在处于堕落社会的底层，她仍然不时遭受欺凌。被金钱所困的桑迪不遗余力地伸手去拿老人的钱包，但当她再次偷窃时，却被一个名叫顺崎信三（远藤真一饰演）的中年男子抓住了。
在危急的情况下，特勤局NERV的葛成美救出了真嗣，并在西本的指挥下将他带到了NERV的总部。但迎接真嗣的是他父亲的冷酷命令：驾驶一个名为“EVA”的巨大人形机器人与使徒作战。Shinji已经表示拒绝，在看到严重受伤的替补司机Ayumi后，他决定遵守父亲的命令。就这样，从未接受过作战训练的真嗣准备驾驶长荣第一架飞机对抗使徒。不断攻击的使徒、身份不明的Ayanami、来自德国的司机Soeru Mingrika Langley和14岁的男孩面临着远远超出他们自身能力的挑战。秀吉平静地观察着一切，一个名为“人类完成计划”的神秘计划正在按照他的计划实施。
固执而张扬的年轻女孩K（松浦雅美饰演）和她的母亲（斋藤由纪饰演）从纽约被遣返回日本。为了营救被联邦调查局逮捕的母亲，K与日本警方达成协议，同意以“Miyako Sayuki”的身份进入圣泉学院，调查犯罪女孩团伙和神秘网站的真相。Saki很快就和被欺负的河野东洋（冈田惠饰演）成为了朋友，通过河野东雄，她逐渐了解了这所学校发生的一切。。。这部电影改编自漫画家加田真司的同名原作，是该系列的第三部剧场版。松浦亚美也是第四代太美罪犯的演员。
