游戏以前作 2 年后的日本乡村小镇“稻羽市”为舞台，玩家将扮演刚转学到稻羽市八十神高中 2 年级的主角，在追查神秘连续杀人事件时，潜在的“PERSONA”能力觉醒，同时也开启了进入异世界的大门，与其他 PERSONA 召唤者一同挑战神秘的迷宫。 游戏承袭前作的基本系统并加以强化，结合校园冒险与迷宫战斗 2 大部分。冒险部分将让玩家体验与形形色色的夥伴结交与互动的过程；战斗部分则让玩家与夥伴组队深入本作全新登场的乱数产生迷宫，发挥各自的 PERSONA 之力对抗异世界的神秘怪物。
Akzu Masuke（由Langkawa Daisuke配音）害羞懦弱的性格给他带来了很多生活困难，因此他失去了无数的工作。有一天，刚被解雇的阿政遇到了一个神秘男子。该男子自称是美一（由樱井隆宏配音），想雇佣阿政担任私人保镖。
呆萌可爱的当红偶像成木野美香丹（雨宫天 配音）、整天宅在家里沉迷于游戏之中的曳尾谷爱（寿美菜子 配音）、其貌不扬却身为超级黑客的台初明香（钉宫理惠 配音）、虽然身为灵媒师却不相信幽灵存在的秩父拉布拉（户松遥 配音），居住在古来馆的，是这些个性迥异稀奇古怪的房客们。在寻找圣典的同时，游太那神秘的过去也渐渐浮出了水面。
