寄宿大学生高桥美由纪（高桥樱井配音）和伟大的作家Uzusawa Akihiko（花田宏配音）继续第一部，继续他们的爱情故事。在《明彦》编辑香川女士和丸川书店老板的怂恿下，三崎同意参加明彦的菊川奖纪念酒会。
然而，在炼金术方面拥有极高天赋的爱德华（罗米·帕克配音）和阿方斯（奈宫丽姬配音）兄弟，由于对母亲的极度思念，不惜触犯禁忌。最终的代价是爱德华失去了一只胳膊和一条腿，他的兄弟阿尔方斯只能把他的灵魂附在一件巨大的盔甲上。两兄弟最终明白了一切，为了恢复并寻求更多的炼金术知识，他们成为了国家炼金术师，并踏上了寻找终极炼金术物品——哲人石的旅程。通过不断的探索，兄弟俩终于找到了这块哲人石背后的真相，对他们所处的军事化国家有了更深入的了解。此时，面对国家、民族、家庭。。。炼金术的未来在哪里。
目前根据该作改编的TV动画正在锐意制作中，并预定于2009年7月开始播放。 故事是由一个手脚笨拙，走路也会无缘无故摔倒，运动神经与反射神经都比普通人慢半拍，长相和胸部一样平平的天然系少女森下历美从房间里翻到一张传单开始。 “我想改变自己！”历美决定向顶尖魔法师——美锁学习现代魔法，但是，历美却以异常的形式发动魔法，甚至连异世界的魔物都因此出现！？就在此时，世界各地受到网路魔术的影响而开始产生异变，在银发的天才魔法少女——弓子及擅长电脑的女高中生——嘉穗的陪伴下，历美的活跃表现就此展开……
