为了保护最重要的人，找回真正存在和不可替代的时间，这个年轻人抵抗了绝望，勇敢地面对残酷的命运。（这个新的集版本为动画的第一季添加了新的场景，将2集合并为1集，创建了一个持续时间为1小时的特别集。）
值此危急时刻，公安九课少校的草薙素子（坂本真绫 配音）率领队员巴特（松田健一郎 配音）、陀古萨（新垣樽助 配音）等人迅速展开行动，与恐怖分子和黑客展开连番恶斗。这支个性满满且身怀绝技的机动部队，还要追溯到2027年6月的某天。时任陆军机密部队501机关中佐的真室在街头被人杀害，公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）在墓地与生化人草薙素子首次邂逅。后者接受荒卷的委托追查真相，在这一过程中和巴特等人邂逅。这正是一段传奇部队“攻壳机动队”成立前夕的故事…… 本片根据士郎正宗的原作改编。
21岁的她，到了该找工作的年龄，但是别说是兼职了，她甚至从未给自己挑过衣服，或单独乘坐电车，只有别人为自己拍照，从不曾为别人按下过快门。这样的加穗子终于走出抗菌的温室，一头扎进这个满是细菌的世界。然后她才明白"自己跟别人不一样"。然而把女儿当成闺蜜的母亲，和过度依赖女儿的父亲无法维持内心平衡，导致家庭走上分崩离析的道路。此时，加穗子和周围的人发现沉睡在"温室里的加穗子"心中的真正力量。她经历各种试炼与挣扎，最后成为了"家庭"这一小小王国的女王。
