季節は秋になり、結城理をはじめとしたペルソナ使いたちによる特別課外活動部と異形の怪物「シャドウ」との戦いにも、終わりが近づいていた。しかし、「影時間」を終わらせるためシャドウとの死闘を繰り広げる理の前に、謎の転校生・望月綾時が現れる。第3章監督は「銀河機攻隊マジェスティックプリンス」「デート・ア・ライブ」などを手がけてきた元永慶太郎。
据传，东京郊区的一所房子是一座闹鬼、诡异的房子，任何进入的游客都会神秘死亡或神秘失踪。传说鬼屋主人曾因突然发疯将妻子斩首，然后自杀。他6岁的儿子失踪了，至今下落不明。从那以后，这座闹鬼的房子充满了怨恨，每一位来访者都会立刻被恐怖笼罩。
升上高中后，卓也意外邂逅了名为渡良濑真水（永野芽郁 饰）的女孩，这个女孩因为患上了一种特殊的疾病，导致皮肤会发出异样的光芒，这种疾病是无法治愈的，这也就意味着，真水正在一步一步的走向不远处的死亡。 真水的疾病给卓也带来了很大的撼动，当他得知真水还有一些心愿没有了解时，便自告奋勇的宣布自己将会陪伴和帮助真水实现愿望。在此过程中，两人制造了无数难忘的幸福回忆，在死亡的引力之下，两颗心越靠越近。
