「攻殻機動隊」の士郎正宗が原案、「エクセル・サーガ」の六道神士が漫画を手がけるコミック「紅殻のパンドラ」をアニメ化。先進国の一部ではサイボーグや自律ロボットが普及しはじめた時代。在羽田省,似乎有一个人的目标是内战,这场内战因混乱而成倍增加。此外,为了自己的雄心壮志,陆方进入了最后阶段。在超过国家死亡危机的哈塔省,一场新的骚乱开始出现--