但此时此刻引起佐藤注意的是三年前松田诚平在爆炸中死亡时出现的死亡幻觉，这次出现在高木上。与此同时，连续爆炸的犯人越狱了！这是巧合吗？这名囚犯也是公安警察Yasuhiro命运的敌人，因为他杀死了他的同学Matsuda。就在他准备追上罪犯时，一个神秘的变装人物突然出现，并在安史身上安装了项圈炸弹。为了解除项圈炸弹的武装，柯南赶到安西潜伏的地下避难所。柯南从Ashikaga那里得知了另一起事件——三年前，Ashikaga和一名警察学院的同学（现已死亡）在涩谷遇到了一名名叫“Pramia”的不明伪装炸弹袭击者。然而，此时，在搜索过程中，危险已经开始笼罩柯南和其他人
在好友风间彻（真柴摩利 配音）的邀请之下，野原新之助（小林由美子 配音）、妮妮（林玉绪 配音）、阿呆（佐藤智惠 配音）和正男（一龙斋贞友 配音）来到了名叫“天下春日部学院”的超级精英学校中进行为期一周的体验入学，风间希望自己能够通过这一周的优秀表现来获得这所学校的入学资格。 在天下春日部学院里，有一套非常严格的评分系统，每个人所佩戴的徽章严格的监视着所有学生的一言一行，如有不慎就会遭到扣分的处罚。在和不求上进只管捣乱的小新大吵了一架之后，风间跑进了矗立在学校内的钟楼里，第二天，风间被发现晕倒在钟楼里，屁股上有一个印记，等他醒来之后，众人震惊的发现，风间变成了笨蛋。就这样，“吸皮皮鬼”的传闻在校园里流传开来。小新一行人决定调查事件的真相，并且找到让风间恢复原样的方法。
于是，真琴只身来到青森县，与堂弟Kuramoto Kei（由神原慎介配音）住在一起。他转到了这里的高中，开始了新的生活。在这里，真琴交到了许多善良的朋友，包括天真可爱、对女巫有点害怕的仓吉千夏（铃木优子配音）、在家经营酒类商店的石户直香（内池三树配音）、白天不小心吞下神奇药物变成狗面条的狗主人（日野正里配音），以及与母亲和幽灵千吉（金元寿配音）一起经营咖啡店的Kazumi Yuko（井上由加配音）。在这些朋友的陪伴下，这出充满欢笑和泪水的戏剧开始了。
