位于东京都千代田区的一所传统大学,名为稻木武藏学院,由于招生人数急剧减少,正面临被废除的危机。其中,三个女孩想出了一个聪明的计划——成为偶像。只要他们成为偶像,学校的声誉就会提高,招生人数也会增加。镇心镇的青少年年满10岁后,即可获得训练神奇宝贝的资格。一个名叫Kochi(松本丽香配音)的10岁男孩,以成为最强大的神奇宝贝训练大师为目标,即将踏上修炼之旅。小智因为早上睡觉迟到,差点失去了挑选神奇宝贝的资格。