在《Fate/Zero》中,与征服王伊斯坎达尔一同跨越了第四次圣杯战争的少年,韦伯·维尔维特。时光流转,少年继承了君主·埃尔梅罗的称号,以君主·埃尔梅罗Ⅱ世的身份,在魔术师们的总部·时钟塔面临了各种充满神秘的事件——
故事发生在一个虚构的幻想世界里,在这个世界里,人类不再局限于陆地,而是可以在天空中自由飞翔。不受限制的地理条件导致了一项名为“飞行马戏团”的运动的诞生。少年吉弘(由丰坂龙太配音)曾是这一领域的种子选手,被寄予厚望。
边见瑞纪(下田麻美 配音)的爷爷拥有一家古书店并且将它出租给了学者砚周(土田大 配音)。一日,瑞记偶然打开了一本名叫《蜘蛛怪异闻》的古书,没想到,一只娇小可爱的蜘蛛娘(金田朋子 配音)从中掉了出来。