美国内战结束十年后,内战英雄汤姆·克鲁斯由于无所事事,整天酗酒。一次偶然的机会,他遇到了来美国做生意的日本商人。内森令人印象深刻的成就给对手留下了深刻印象。此时,在明治维新时期,日本天皇打算训练一支现代作战部队,因此内森被邀请到日本。
游戏以前作 2 年后的日本乡村小镇“稻羽市”为舞台,玩家将扮演刚转学到稻羽市八十神高中 2 年级的主角,在追查神秘连续杀人事件时,潜在的“PERSONA”能力觉醒,同时也开启了进入异世界的大门,与其他 PERSONA 召唤者一同挑战神秘的迷宫。 游戏承袭前作的基本系统并加以强化,结合校园冒险与迷宫战斗 2 大部分。冒险部分将让玩家体验与形形色色的夥伴结交与互动的过程;战斗部分则让玩家与夥伴组队深入本作全新登场的乱数产生迷宫,发挥各自的 PERSONA 之力对抗异世界的神秘怪物。