京都太亲是一座有着一千多年悠久历史的城市，至今仍有大量的历史遗迹和景点。上世纪下半叶，多家电影制片厂和无数电影人在这里留下了足迹，国内外著名经典作品《罗生门》就在这里诞生。电影业发展迅速，商业街也与之相得益彰。
25岁时，一个仍然无所事事的年轻人，安维尔·良介（妻子和丈夫木崎饰）意外欠下了300万日元的债务，之后他被迫成为山冈佑治（松由康子饰）经营的货运公司的职员。虽然日薪高达5万日元，但运输的货物都是尸体等高风险“物品”。
在危急的情况下，特勤局NERV的葛成美救出了真嗣，并在西本的指挥下将他带到了NERV的总部。但迎接真嗣的是他父亲的冷酷命令：驾驶一个名为“EVA”的巨大人形机器人与使徒作战。Shinji已经表示拒绝，在看到严重受伤的替补司机Ayumi后，他决定遵守父亲的命令。就这样，从未接受过作战训练的真嗣准备驾驶长荣第一架飞机对抗使徒。不断攻击的使徒、身份不明的Ayanami、来自德国的司机Soeru Mingrika Langley和14岁的男孩面临着远远超出他们自身能力的挑战。秀吉平静地观察着一切，一个名为“人类完成计划”的神秘计划正在按照他的计划实施。
