一天晚上，在首都圈警察局的顶部举行了一次例会。突然，一名持枪男子闯入会场，将所有官员扣为人质。警方很快调查了抢劫者的身份，发现他就是已经辞职的前检查大臣关谷康久（小泽正治饰演）。
与沉默寡言的Ayanami（由Hyumi Lin配音）不同，Akira自信，甚至有些傲慢。在和真嗣在一起的那段时间里，她开了很多关于彼此的玩笑。他们分别驾驶零号、一号和二号飞机，抵抗了第八使徒的猛烈攻击。在这个过程中，一种淡淡的情绪在这三位年轻男女的心中悄然发芽。不久之后，第九和第十使徒相继抵达，真嗣和他的同伴们面临着残酷的生死考验。。。这部电影是新剧场版《福音战士》三部曲的第二部分。
