三年前的一场交通事故令凉宫遥（栗林美奈实 配音）陷入了昏迷之中，鸣海孝之（谷山纪章 配音）一直将交通事故的责任归结在自己的身上，因此陷入了痛苦和颓废之中，在此期间，爱慕着孝之的速濑水月（高桥智秋 配音）不离不弃的照顾和鼓励着孝之，两人不知不觉之中就开始了宛如情侣一般的半同居生活。 某一日，凉宫遥突然从昏迷中苏醒了，因为脑部受伤，所以她的记忆暂时出现了混乱。孝之将此当做是赎罪的契机，于是一直守护着凉宫遥，水月将这一切都看在眼里，她直到，孝之真正喜欢的只有凉宫遥一个人，黯然之中，她选择了默默退出。
世冈学院是一所以严格的纪律而闻名全国的学校，普通高中生青间裕二（小林裕介配音）即将在这里开始新的校园生活。一场事故使杉树卷入了一个名为“SOX”的邪恶恐怖组织的阴谋。该组织的领导人Ayanami Huacheng（石川静香配音）实际上是石冈学院学生会的副会长！在这些“恐怖分子”的影响下，日治的生活会发生什么翻天覆地的变化——早期二女儿（日井里美配音）不成熟的外表和成熟的内在美，以及拥有与她可爱的外表极不相称的腹黑的鬼鼓修复（Horie Yuyi配音）？
浅草绿（斋藤飞鸟饰演）是一名一年级的高中生，是一名动漫爱好者，他强调“设定就是生活”。在素描本中绘制和积累各种想法，但由于无法独自行动，无法朝着动画制作迈出一步。对于浅草作为制片人的天赋，近森·沙耶加（由美泽美博饰演）很快就注意到了。
