涩谷的中心部跳跃到了300多年以后的“未来”。等在那里的是广袤无边的荒野与森林、散布各处的废墟……以及未来人“revisions”和他们所操纵的巨大机械怪物。 不明原因地遭到怪物蹂躏的涩谷，如同前来拯救它一般而现身的是，与绑架事件中大介的恩人同名且相貌一模一样的少女·米洛。她为大介等人提供了只有他们能够操纵的人形兵器“提线木偶”，并要求他们守护涩谷。 绑架事件的恩人——米洛的预言“守护同伴的命运”，深信着此事活下去的大介，为终将到访的危机以及获得的力量而欢喜。但，5名儿时好友的牵绊由于绑架事件的影响，而变得四分五裂。 孤立的城市。未知的敌人。未确定的过去与命运的预言。少年少女们，为了取回“现在”而与“未来”战斗。一定要回到原本的时代——
在某个临海小镇，隶属魔导士公会下设分支机构“妖精的尾巴（Fairy Tail）”的纳兹·多拉格尼尔（柿原彻也 配音）、露西·哈特菲利亚（平野绫 配音）、格雷·佛尔帕斯塔（中村悠一 配音）等人接受委托，前来捉拿某盗贼团头领基斯。
有一天，学校来了一位新老师，Tamiya Ryoko（由Yuri Shinzu饰演），她和小优都敏锐地意识到了彼此的存在。Tamiya将A（池武史饰演）和岛田秀夫（德川隆饰演）介绍给了小作，并邀请他加入一个由所有寄生动物组成的网络，以寻求发展。在这段时间里，新一和小优遭到了A的伏击，他们依赖的母亲（由纪美子饰演）意外成为寄生兽的俘虏。为了保护最重要的人，新一只对极其恶毒的寄生动物发动攻击。。。这部电影改编自岩见俊的同名漫画。
