在日本室町时代中期，执政幕府的权威急剧下降。野心勃勃的Keiko Tetsuke（中井圭一饰演）为了实现自己的霸权，将自己未出生的儿子Baigui Maru献给了48位魔神。他与怪物们达成协议，拿走了48个器官，包括眼睛、耳朵、嘴巴、鼻子等。
保证世界调和的恒常性将现在变得过于强大的缅因猫兽视为危险，而要将其切除。 随着暴走的缅因猫兽的出现，现实世界开始进入毁灭前的倒计时。 其所波及的地点接连发生异变。因歪曲而现身的数码宝贝们，等待着那一时刻的来临—— 被选召的孩子们，受到异常的数码世界排斥，返回现实世界， 却因为与搭档数码宝贝在一起而遭到人们的追赶。众人陷入孤立无援却仍然拼命地寻求对策，与此同时芽心独自一人持续烦恼着。 同伴和数码宝贝的声音，都传达不到因背负过大的负担而遭受打击的她心中… 之后，残酷的命运，甚至逼近了灵魂比任何人都率直纤细的八神光身边——
