“新生篇章”的内容延续自第24集的内容:在第17使徒被消灭后,SEELE向NERV发出命令,要求EVA第一架飞机负责执行“人类完成计划”。然而,秀吉并不同意SEELE的做法,并拒绝执行。SEELE认定这是一种反叛行为,并决定彻底消灭NERV。黎明时分,NERV总部突然遭到战略自卫队的袭击,他们对NERV人员进行了残酷的屠杀。为了保护司机,葛成美利下令将精神崩溃的阿基拉送上第二架飞机,并将其安置在湖底深处。他亲自去营救日久真嗣。但在这一点上,Ikashi Shinji已经处于精神崩溃的边缘。
奇怪的是,第二天在幼儿园里,吉永老师却不同前一晚的态度,大力向园长建议游园会上应该跳热情的森巴……
在俱乐部Honey Bunny担任雇佣店长的清原修造(藤原龙也 饰)赌马时弄丢店里的营业额,为免被老板破魔翔(窪塚洋介 饰)杀死,他被俱乐部头牌茉莉亚(中岛美嘉 饰)拉去向恐怖魔女涉柿多见子(池畑慎之介☆ 饰)举债。